La soluzione che proponevo io è:
- entrare con putty via ssh
- installare uno dei tanti metodi per accedere ad un FTP via fuse o simili
- montare l'ftp localmente (sul server)
- fare cd nella cartella appena montata
- fare rm -rf
http://curlftpfs.sourceforge.net/
leggi la documentazione e guarda l'esempio...
praticamente si tratta di un software che ti fa sembrare l'ftp come se fosse una cartella del tuo disco.... e applica all'ftp tutte le operazioni che tu fai su/in tale cartella